BoBoiBoy Galaxy Run is een dynamische hardloper gebaseerd op de populaire Maleisische animatieserie, met dezelfde stijl en reeks hoofdpersonages, die geleidelijk worden ontgrendeld naarmate speciale kristallen zich ophopen. Ren als een gek door de levels en voorkom dat de aliens bezit nemen van de energiebollen, wat veel problemen kan veroorzaken als ze in verkeerde handen zijn. De hoofdpersoon reist door locaties met meerdere niveaus, rent en gebruikt zijn unieke vaardigheden automatisch, en de gebruiker kan alleen goed getimede enkele of dubbele sprongen en rollen uitvoeren, om te voorkomen dat de afdeling in een giftige massa of een andere substantie valt, afhankelijk van het podium.
Het level in het spel BoBoiBoy Galaxy Run: Fight Aliens to Defend Earth! is over het algemeen eindeloos, hoewel locaties elkaar automatisch veranderen naarmate je een bepaalde afstand overbrugt. Naast de hoofdvaardigheid kan het personage onderweg verschillende power-ups oppikken en deze gebruiken om tegelijkertijd vijandige groepen te vernietigen. Het kan bijvoorbeeld een meteorenregen zijn of energiepulsen die kort duren en worden geactiveerd door te tikken.
Het is uiterst belangrijk tijdens het passeren van de baan BoBoiBoy Galaxy Run om elementen in de vorm van bliksem te verzamelen – dit is de energie die nodig is voor veel gameplay-processen, bijvoorbeeld door er genoeg van te gebruiken die je kunt ontgrendelen nieuwe personages, die in totaal zes in de game beschikbaar zijn (hetzelfde als in de originele animatieserie). Bonussen zijn verschuldigd voor dagelijkse activiteiten, het is ook mogelijk om de prestaties van andere gebruikers en vrienden te volgen – probeer een grotere afstand af te leggen dan zij.
